קדיש בהוצאת ספר אחד
א. אומרים חצי קדיש אחרי ברכת "אשר נתן לנו" של העולה האחרון ולפני שקוראים למפטיר לעלות לתורה.
קדיש בהוצאת שני ספרים
ב. שבת שבה מוציאים שני ספרים: הספרדים – נוהגים להעלות שבעה עולים לקריאת פרשת השבוע בספר ראשון ולומר חצי קדיש אחריו, לקרוא "מפטיר" בספר השני ולומר שוב חצי קדיש. האשכנזים – נוהגים להביא ספר ראשון לתיבה, לקרוא בו שבעה עולים, לגלול אותו, להביא ספר תורה שני לבימה, לומר חצי קדיש כששניהם על הבימה ולקרוא "מפטיר" בשני.
קדיש בהוצאת שלושה ספרים
ג. שבת שמוציאים שלושה ספרי תורה: הספרדים – אומרים חצי קדיש פעמיים או שלוש, ואילו האשכנזים – פעם אחת, כדלהלן:
• מנהג הספרדים – להעלות ששה עולים לקריאת פרשת השבוע בספר הראשון ולא לומר קדיש, לקרוא עליית "שביעי" בספר השני ולומר חצי קדיש, לקרוא עליית "מפטיר" בספר השלישי ולומר חצי קדיש, ונמצא שאמרו שני קדישים.
• עלו שבעה עולים או יותר לקרוא בספר הראשון [עליית מוסיפין] – אומרים חצי קדיש אחרי הקריאה בספר בראשון, משום שנגמרה חובת היום, ואומרים עוד חצי קדיש אחרי הקריאה בספר השני, וכן חצי קדיש אחרי הקריאה בספר השלישי, ונמצא שאמרו שלושה קדישים.
כל האמור לעיל הוא מלבד בשמחת תורה, שאף שקוראים יותר משבעה עולים בספר ראשון – אין אומרים קדיש אחריו.
• מנהג האשכנזים – להעלות ששה עולים לקריאת פרשת השבוע בספר הראשון, להגביה ולגלול את הספר הראשון ולקחתו מן הבימה, ולא לומר אחריו קדיש. אחר כך, קוראים עליית "שביעי" בספר השני, מביאים את הספר השלישי לבימה ואומרים חצי קדיש כאשר שניהם על הבימה. אחרי אמירת קדיש מגביהים וגוללים את הספר השני ומסלקים אותו מן הבימה, ונשאר הספר השלישי על הבימה וקוראים בו עליית "מפטיר", ולא אומרים אחריו קדיש.
• יש אשכנזים שנוהגים להחזיר את ספר התורה הראשון לבימה ולהניחו לצד שני הספרים האחרים לאמירת הקדיש, ואחרי אמירת קדיש מגביהים וגוללים את הספר השני ומסלקים אותו מן הבימה, ונשאר הספר השלישי על הבימה וקוראים בו עליית "מפטיר", ואין אומרים אחריו קדיש.
ולמעשה ינהג כל אחד כמנהגו.
עולה לתורה בביהכ"נ שלא נוהג כמנהגו
ד. ספרדי שעלה לתורה בבית כנסת של אשכנזים – ינהג כמנהג האשכנזים, וכן אשכנזי שעלה לתורה בבית כנסת של ספרדים – ינהג כמנהג הספרדים, ועל זה דרשו חז"ל את הפסוק: "ויעש כן אהרון", מלמד שלא שינה.
סגירת תיק הספר
ה. העולה לעליית "מפטיר" לא יתחיל בברכת ה"הפטרה" לפני שסוגר את תיק ספר התורה.